Coro
Su fábrica es de sillar, y el interior va revestido de una magnífica sillería de nogal secular y lustroso.
La planta es rectangular, con tres lados. Se compone de 84 sitiales formando dos órdenes; el segundo colocado en un plano más alto que el anterior. Ambos órdenes están finamente tallados, por gente hispana, dado el desarrollo en superficie, con arreglo al gusto gótico abstracto (decoración geométrica sin imaginería) castellano de fines del siglo XV, bajo el mecenazgo del Cardenal Mendoza, celebrándose las Horas Canónicas, en este nuevo Coro, el 8 de diciembre de 1491.
El orden inferior está destinado a los beneficiados y cantores, teniendo a la altura de los brazales respaldos con tracería entreverada de arcos góticos y círculos lobulados, sobre los que descansan los atriles de los sitiales altos.
El decorado de las sillas bajas es de menor importancia que el de las superiores, destinadas a canónigos y huéspedes o personas seglares invitadas, o con derecho a sentarse en el coro, cobijadas por un calado dosel corrido de arcos florenzados, orlados de crestería cairelada de una belleza y elegancia extraordinarias. Sus respaldares están separados por finísimas pilastras terminadas en agujas, y sus tableros, delicadamente tallados. Con la base de la línea curva desarrollan un dibujo distinto en cada uno de ellos, decorando espacios con variadísimos elementos de la flora, formando, a pesar de la multiplicidad de detalles, un conjunto tan armónico que al primer golpe de vista parecen iguales todos los motivos. Las combinaciones geométricas de sus entalladuras se multiplican, demostrando la gran riqueza de imaginación de estos maestros, pues ni una sola vez se repite.
Los tableros para sentarse son giratorios, en dirección de abajo para arriba, con objeto de que puedan levantarse y dejen espacio en que pueda quedar en pie una persona entre los dos brazales, dejando entonces al descubierto un segundo asiento, formado por un trozo de madera en forma de repisa o soporte conocido con el nombre de paciencia o misericordia, por servir para descansar en él cuando la persona colocada ante el sitial o facistol se halla en pie; por igual motivo tienen una serie de brazales altos que permiten apoyarse en ellos al permanecer de pie. Las misericordias están decoradas con motivos antropomórficos, zoomórficos, fitomórficos, capiteles y especie de ménsulas lisas.
La silla episcopal, de mayor tamaño, está en el centro formado un grupo independiente. Es elegante y severa, y se ven en su dorsal los relieves de dos profetas bajo sendos arcos de medio punto, sobre los que dos ángeles tenantes sostienen el heráldico escudo del cardenal Mendoza, policromado; y sobre él pináculos, agujas, hojarasca, etc., combinados con gran acierto. Además, el trono del obispo tiene pomos y misericordia con los «droleries» típicos de los tallistas nórdicos. Estas figuras del trono hacen recordar la manera del nórdico Rodrigo Duque Alemán, quien debió haber trazado bocetos y luego haber enviado ayudantes para la ejecución; de ahí que su influencia se note con tanta evidencia.
Coronando toda la sillería aparecen dos tribunas para los órganos y altas balaustradas, obras platerescas del siglo XVI, elaboradas por el entallador Calderón (1524). Se cierra, frente al altar mayor, con una magnífica reja barroca hecha por Domingo de Zialceta en 1647 la cual queda coronada por Nuestra Señora del Rosario, Santo Domingo y Santo Tomás de Aquino.
