Presbiterio y Altar Mayor
Se cierra este recinto por magnífica reja de hierro forjado del siglo XVII, a expensas del prelado fray Pedro González de Mendoza (1623-1639), hijo del príncipe de Éboli y Ana de Mendoza, duques de Pastrana.
Fue ejecutada por los maeses Francisco Martínez y Domingo de Zialceta, rejero vascongado, que la forjaron en el breve tiempo de cuatro años, quedando colocada a mitad del año 1633. Cinco años después se pintó y doró adicionándole el Calvario que hoy tiene por coronación y que ejecutó maese Juan Rodríguez Soberal.
Se escolta desde el transepto por los dos famosos púlpitos de alabastro: el gótico-flamígero de la Epístola, o antiguo «predicatorio», del siglo XV, trazado por Rodrigo Alemán. En su frente se representa la Virgen con San Jorge y Santa Elena, alusivos a los títulos de don Pedro González de Mendoza (1468-1495); y el plateresco del Evangelio, siglo XVI, obra maestra del seguntino Martín de Vandoma, que lo cinceló con escenas de la Pasión.
A los lados del presbiterio se levantan algunos enterramientos de obispos y personajes relacionados con la catedral. En el muro de la Epístola, el de don Alonso Carrillo de Albornoz, cardenal de San Eustaquio (1424-1434), que murió en Basilea en 1434 durante la celebración del famoso concilio de este nombre. Aunque en su sepultura aparece la fecha de 1426, se estima que se debió ejecutar este sepulcro unos diez años después, por encargo de su sucesor y sobrino don Alonso Carrillo de Acuña (1434-1446).
Los sepulcros contiguos de la parte baja a la derecha, se abren por dos arcos superpuestos: de medio punto el superior y escarzano el inferior, que cobijan sendas estatuas yacentes de doña María de Castilla y de su esposo, don Gómez Carrillo de Albornoz.
En el muro del Evangelio, contiguo a la subida al púlpito, y bajo un arco gótico de varias arquivoltas, con decoración lobulada por dentro y fitomórfica por fuera, yace revestido de pontifical don Pedro I de Leucate, con mitra y báculo.
La parte del fondo del presbiterio la ocupa el gran retablo mayor, formado por tres cuerpos: jónico, corintio y compuesto, adornado con tallas polícromas, perfectamente trabajadas, obra renacentista de Giraldo de Merlo (1609, siglo XVII). El zócalo recoge cuatro relieves que aluden a la pasión de cristo: Prendimiento, Flagelación, Ecce Homo y Santo Entierro.
En la parte central, a los lados del Sagrario, se emplazan las figuras de los Santos Juanes. Se observan en ésta dos relieves: la Inmaculada Concepción y la Transfiguración. El tabernáculo ocupa el lugar central, es de estilo herreriano y está enriquecido con las imágenes de san Pedro, san Pablo, un altorelieve de la Santa Cena y la imagen del Resucitado.
El primer cuerpo está separado del segundo por un friso. En el centro encontramos la representación del Espíritu Santo en forma de paloma y, a cada lado, cinco figuras de santos recostados que representan a santos padres y teólogos. A ambos lados del primer cuerpo se sitúan dos esculturas en hornacinas y otros dos relieves cuadrados: san Andrés y santa Lucía, a la izquierda, y san Francisco de Asís y santa Catalina, a la derecha.
El inicio del segundo cuerpo presenta en el centro a la Asunción, titular de este templo catedralicio. Lo flanquean las escenas de adoración de los pastores y de los reyes magos. En los extremos, un par de hornacinas acogen a santa Librada y a santa Ana, sobre ellas los relieves de santa Inés y santa Bárbara. En segundo cuerpo se cierra también con un friso en imitación al del primer cuerpo.
La escena del calvario se coloca en el centro del tercer cuerpo a cuyos lados se colocan los relieves de la Ascensión del señor y la Venida del Espíritu Santo. Estos relieves son acompañados por las esculturas de san Antonio de Padua, san Mateo, el obispo donante y san Buenaventura. Este tercer cuerpo corona con un frontón semicircular barroco con ángeles que mantienen el escudo del obispo Fray Mateo de Burgos.
Por encima surgen siete ventanales de arcos apuntados, muy estilizados, que forman el ábside del templo catedralicio, dotando a la capilla mayor del más grande foco de iluminación de la iglesia-catedral.
A espaldas del altar hay una hornacina que, en tiempos pretéritos, sirvió de archivo hasta el año 1514. Después fue convertido en oratorio para reserva del Santísimo Sacramento.
Al construirse la nave absidal de la girola o deambulatorio, rompiendo el muro, en el centro del semicírculo, se abrió una ventana para iluminar el tabernáculo o camarín, cuya obra fue ejecutada por Juan de Buega. La decoración que hoy ostenta, con una reja dorada por la parte de afuera, no se hizo hasta el 1687. Durante muchos años hubo allí una lámpara siempre encendida.
